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10x

错误信息

最近处理10x数据，需要把已有的亚群合并，然后绘制目标基因的热图~ 朴实~ 无华~ 枯燥~ 处理完成之后，需要调整亚群绘制顺序，基因的顺序 OK~ 我改~

one moment later……

“怎么这几张图的标度范围不一样？看起来不统一” 我改~ 也就是一个修改刻度~ 然后~ 然后我就后悔了~

漫漫Debug路

第一次尝试

Seurat包里面热图，用的是ggplot2绘制的，一般处理这种问题，只要 获取对象后重新指定一下数据标准化的范围就好，搞一下配色什么的就完 事

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p <- p + scale_fill_gradientn(limits=c(-2,2),          
                              breaks =c(-2,0,2),
                              colours = PurpleAndYellow(),
                              na.value = "white") +
     WhiteBackground()

本以为这样就结束，打开结果一看？喵喵喵~ 什么鬼，那一条条的白线是个 什么玩意儿？

对比前后的结果，这些白色的部分在原始的图形中都被当作最大值处理（其 实是缺失值）。

没问题~ 缺失值替换为黄色就好

第二次处理

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p <- p + scale_fill_gradientn(limits=c(-2,2),        
                              breaks =c(-2,-1,0,1,2),     
                              colours = PurpleAndYellow(),
                              na.value = "yellow") +
     WhiteBackground()

纳尼~ 那些组间的分隔怎么也变成了屎黄色？看来这样不对~

第三次处理

查看图形对象中那些缺失的数据数据（原本是会有一些细胞也为缺失的，但我更新之后的ggplot对象没法重复之前的结果，不记得之前ggplot2是哪个版本了）

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p$data %>% filter(is.na(Expression))

#   Feature                 Cell Expression    Identity
# 1    Rbp7 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 2  Sema3g hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 3 Gpihbp1 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 4   Plpp1 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 5   Ly6c1 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 6    Emcn hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts

这些奇怪名字的细胞就是用来生成那些组间分割的占位信息，在使用 na.value = "yellow" 时，把这些占位信息也给修改了，于是就有 了图中的屎黄色分割，处理方法也简单，只将那些正常细胞名称的表 达量由NA替换为我们的最大值即可~ 随后在scale_fill_gradientn中 将NA替换为白色即可~

第四次处理

本来经过前面的处理，应该已经可以正常将热图的标度修改为指定的 范围~ But~ 当我重新运行脚本时却出现了如下的报错：

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Error in data.frame(group = sort(x = group.use), x = x.divs) :
  arguments imply differing number of rows: 2055, 0
Calls: PlotHeatmapPlot -> DoHeatmap -> data.frame
Execution halted

我原来正常的脚本都跑不了了~这又是什么鬼~明明之前还好好的能够正常运行~ 谷歌之~ Error in DoHeatmap – no labelling of identities above colourbar possible 看来是版本问题~ 看一下自己环境里的r包，有人升级了ggplot2到3.3.3。 我也没有记录之前的ggplot2版本，之前的工作算是白做了~ 看了一下Seurat的更新记录，最新的版本已经到了4.x.x，但所用对象使用的是3.1.1，所以找一个比较近的版本： 3.1.4 重新安装一个v3.1.4版本的Seurat 里面的DoHeatmap方法果然有所改变，对ggplot 3.3.3进行了适配 3.1.1 3.1.4 这个版本的ggplot2在重新标准化之后细胞不再会出现缺失值，前面的方法也呵呵了~ 要消除白色的那些细胞，只需要将越过范围的值给赋值为其边界值即可

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p$data[!is.na(p$data$Expression) & (p$data$Expression > 2),]$Expression <- 2
p$data[!is.na(p$data$Expression) & (p$data$Expression < -2),]$Expression <- -2

final 剩下的调整一下theme就好了

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